¿Es recomendable instalar Open Media Vault en Raspbian Full (con escritorio)?

Negativo, no.

RaspBian full -es decir, RaspBian con escritorio- no es incompatible con OMV, mas abre la puerta para que se instale (o actualice) algún paquete que sí podría provocar conflictos.

No obstante yo lo estoy haciendo funcionar así. A ver cuánto dura.

Es muy llamativo, por ejemplo, tener configurada la conexión wlan en OMV y que al cargar el escritorio de RasBian ver que señala "no wireless extensions", a pesar de que, al menos aparentemente, todo funciona correctamente.